平台软硬件资源介绍

HPC AI融合智算中心（二期）通用X86 NVIDIA平台的硬件资源

节点配置

节点类别	节点数量（台）	主要规格
节点类别	节点数量（台）	cpu型号	内存大小	GPU卡型号
管理节点	2	2*Intel(R) Xeon(R) Platinum 8358P CPU @ 2.60GHz	512G	/
登录节点	2	2*Intel(R) Xeon(R) Platinum 8358P CPU @ 2.60GHz	512G	/
CPU1	110	2*Intel(R) Xeon(R) Platinum 8358P CPU @ 2.60GHz	512G	/
CPU2	30	2*Intel(R) Xeon(R) Platinum 8358P CPU @ 2.60GHz	512G	/
CPU3	20	2* AMD EPYC 7763 64-Core Processor 2450	512G	/
GPU1	50	2*Intel(R) Xeon(R) Platinum 8358P CPU @ 2.60GHz	1024G	8*NVIDIA A800-SXM4-80GB
GPU2	15	2*Intel(R) Xeon(R) Platinum 8358P CPU @ 2.60GHz	2048G	8*NVIDIA A800-SXM4-80GB
GPU3	15	2*Intel(R) Xeon(R) Platinum 8358P CPU @ 2.60GHz	1024G	8*NVIDIA A40-48GB
BIG MEM	6	4*Intel(R) Xeon(R) Gold 6348H CPU @ 2.30GHz	3072G	/

节点性能

CPU节点

节点类别	单核主频	单节点核心数	内存	节点数	总核心数
CPU1	2.60GHz	64	512G	110	7040
CPU2	2.60GHz	64	512G	30	1920
CPU3	2.45GHz	128	512G	20	2560
BIGMEM	2.30GHz	96	3072G	6	1152

GPU节点

GPU服务器整体配置采用NVLINK 400GB/S

节点类别	单核主频	单节点核心数	内存	节点数	总核心数	单GPU卡显存	GPU卡总显存
GPU1	2.60GHz	64	1024G	50	3200	A800-SXM4-80GB	640GB
GPU2	2.60GHz	64	2048G	15	960	A800-SXM4-80GB	640GB
GPU3	2.60GHz	64	1024G	15	960	NVIDIA A40 48GB	384GB

存储配置

存储介质类型	挂载点	存储空间	文件系统	备注
SSD	/hpc2ssd	309T	GPFS EC	用于提高HPC 任务存储IO 读写性能，如长时间不使用的数据请迁移到HHD 避免。
HDD	/hpc2hdd	3.9P	GPFS EC	用于HPC 一般用户存储读写性能及数据存储

国产AI硬件资源

节点配置

节点类别	节点数量（台）	主要规格
节点类别	节点数量（台）	cpu型号	内存大小	GPU卡型号	备注
AI推理节点	2	2*kunpeng920-48C @ 2.60GHz	512G	Atlas 300V Pro
AI训练节点	8	4*kunpeng920-48C @ 2.60GHz	1024G	Ascend 910 Pro B	（GPU卡以芯片形式嵌入主板中）
AI管理节点	2	2*kunpeng920-32C @ 2.60GHz	512G	/
存储节点	4	2*Intel(R) Xeon(R) Platinum 8358P CPU @ 2.60GHz	512G

节点性能

CPU 节点

节点类别	单核主频	单节点核心数	内存	节点数	总核心数	理论峰值/Gflops（FP16）
AI管理节点	2.60GHz	64	512G	2	128	2662.4

GPU 节点

节点类别	单核主频	单节点核心数	内存	节点数	总核心数	单GPU卡显存	GPU卡总显存	理论峰值/Gflops(FP16)	AI算力
AI推理节点	2.60GHz	96	512G	2	192	48G	768G	3993.6	2240TOPS INT8
AI训练节点	2.60GHz	192	1024G	8	1536	32G HBM	2048G	7987.2	17.92PFlops

存储节点

节点类别	单核主频	单节点核心数	内存	节点数	总核心数	理论峰值/Gflops
存储	2.60GHz	32	512G	4	128	21299.2*4

存储配置

存储介质类型	挂载点	存储空间	文件系统	备注
SSD/HDD	/datapool	771.82T（裸容量）	EC	用于12台AI服务器。

软件资源

操作系统资源

节点类别	操作系统
节点类别	操作系统
管理节点	Red Hat Enterprise Linux release 8.4 (Ootpa)
登录节点	Ubuntu 20.04 LTS
CPU1	Ubuntu 20.04 LTS
CPU2	Red Hat Enterprise Linux release 8.4 (Ootpa)
CPU3	Ubuntu 20.04 LTS
GPU1	Ubuntu 20.04 LTS
GPU2	Red Hat Enterprise Linux release 8.4 (Ootpa)
GPU3	Ubuntu 20.04 LTS
BIGMEM	Ubuntu 20.04 LTS

编译环境资源

CPU1、CPU3、大内存节点

编译工具	版本	加载方法
编译工具	版本	加载方法
GCC	9.4.0（系统默认）	直接使用
GCC	13.1	module load compilers/gcc-13.1.0
python	3.8.4（系统默认）	直接使用
icc	2023.1.0	module load compilers/icc-2023.1.0
cmake	3.27.0	module load cmake/3.27.0
java	1.8.11	直接使用

CPU2节点

编译工具	版本	加载方法
编译工具	版本	加载方法
GCC	8.4.1（系统默认）	直接使用
GCC	13.1	module load compilers/gcc-13.1.0
python	3.6.8（系统默认）	直接使用
icc	2023.1.0	module load compilers/icc-2023.1.0
cmake	3.27.0	module load cmake/3.27.0
java	1.8.11	直接使用

GPU1节点

编译工具	版本	加载方法
编译工具	版本	加载方法
GCC	9.4.0（系统默认）	直接使用
GCC	gcc13.1	module load compilers/gcc-13.1.0
python	3.8.4（系统默认）	直接使用
icc	2023.1.0	module load compilers/icc-2023.1.0
cmake	3.27.0	module load cmake/3.27.0
cuda	11.3 (cudnn 8.9.3 for cuda11.x )	module load cuda/11.3
	11.7 (cudnn 8.9.3 for cuda11.x )	module load cuda/11.7
	11.8 (cudnn 8.9.3 for cuda11.x )	module load cuda/11.8
	12.0 (cudnn 8.9.3 for cuda12.x )	module load cuda/12.0
	12.2 (cudnn 8.9.3 for cuda12.x )	module load cuda/12.2
nvidia-sdk	23.7	module load nvhpc/23.7

数学库

软件名称	版本	软件加载方法
软件名称	版本	软件加载方法
fftw	3.3.10
intel MKL	2023	module load compilers/mkl-2023.1.0
nvidia-sdk	23.7	module load nvhpc/23.7
blas/scalapack/lapack	/

MPI环境资源

序号	软件名称	版本	安装路径	加载方法
1	mpich	4.1.2 gcc版	/opt/mpi/mpich-4.1.2	module load mpi/mpich-4.1.2
2	mpich	4.1.2 icc版	/opt/mpi/mpich-4.1.2_icc-2023.1.0	module load mpi/mpich-4.1.2_icc-2023.1.0
3	mvapich	3.0b gcc版	/opt/mpi/mvapich-3.0b	module load mpi/mvapich-3.0b
4	mvapich	3.0b icc版	/opt/mpi/mvapich-3.0b_icc-2023.1.0	module load mpi/mvapich-3.0b_icc-2023.1.0
5	mvapich	2-2.3.7-1 gcc版	/opt/mpi/mvapich2-2.3.7-1	module load mpi/mvapich2-2.3.7-1
6	mvapich	2-2.3.7-1 icc版	/opt/mpi/mvapich2-2.3.7-1_icc-2023.1.0	module load mpi/mvapich2-2.3.7-1_icc-2023.1.0
7	openmpi	4.1.5 gcc版	/opt/mpi/openmpi-4.1.5	module load mpi/openmpi-4.1.5
8		4.1.5 icc版	/opt/mpi/openmpi-4.1.5_icc-2023.1.0	module load mpi/openmpi-4.1.5_icc-2023.1.0
9		4.1.5 gpu版	/hpc2ssd/softwares/cuda/openmpi-4.1.5	module load mpi/openmpi-4.1.5_gpu
10	Intel_mpi	2021.9	/opt/intel/oneapi/mpi/2021.9.0	module load intelmpi-2021.9.0
11	nvidia sdk	23.7	/hpc2ssd/softwares/nvidia/hpc_sdk/	module load nvhpc/23.7

应用软件资源

序号	软件名称	版本	安装路径	加载方式
1	GAUSS	g16	/hpc2ssd/softwares/GAUSS	module load
2	HDF5	1.14.1-2	/hpc2ssd/softwares/HDF5-1.14.1-2	module load
3	PnetCDF	1.12.3	/hpc2ssd/softwares/PnetCDF-1.12.3	module load
4	QE	7.2	/hpc2ssd/softwares/QE-7.2	module load
5	R	4.3.1	R-4.3.1	module load R/4.3.1
6	RASPA2		/hpc2ssd/softwares/RASPA2	module load
7	WPS	4.2	/hpc2ssd/softwares/WPS-4.2
8	WRF	4.2.1	/hpc2ssd/softwares/WRF-4.2.1
9	abacus	3.3.0	/hpc2ssd/softwares/abacus
10	anaconda3	2023	/hpc2ssd/softwares/anaconda3
11	ccpem	20221108	/hpc2ssd/softwares/ccpem-20221108
12	cistem	1.0.0	/hpc2ssd/softwares/cistem-1.0.0-beta
13	cuda		/hpc2ssd/softwares/cuda
14	dushin		/hpc2ssd/softwares/dushin
15	dynamo		/hpc2ssd/softwares/dynamo
16	elk	8.5.10	/hpc2ssd/softwares/elk-8.5.10
17	gams	44.1	/hpc2ssd/softwares/gams44.1_linux_x64_64_sfx
18	gromacs	2023.2	/hpc2ssd/softwares/gromacs-2023.2	module load gromacs/2023.2
19	jasper	1.9	j/hpc2ssd/softwares/asper-1.9
20	lammps_parallel	3-Mar-20	/hpc2ssd/softwares/lammps_parallel	module load lammps/2022-parallel
21	lammps_serial	3-Mar-20	/hpc2ssd/softwares/lammps_serial	module load lammps/2022-serial
22	netcdf		/hpc2ssd/softwares/netcdf
23	pwtk-2.0		/hpc2ssd/softwares/pwtk-2.0
24	pycharm	2023.1.4	/hpc2ssd/softwares/pycharm-community-2023.1.4
25	pytorch	2.0.1	/hpc2ssd/softwares/pytorch-2.0.1
26	relion		/hpc2ssd/softwares/relion
27	scipion		/hpc2ssd/softwares/scipion
28	tensorflow-gpu		/hpc2ssd/softwares/tensorflow-gpu
29	vasp	6.3.2	/hpc2ssd/softwares/vasp.6.3.2	module load vasp/6.3.2
30	docker	24.0.5	/usr/bin/docker
31	openFoam	11	/opt/openfoam11

生信类软件

序号	软件名称	加载方法	备注
1	Aspera	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological	秘钥文件：/hpc2ssd/softwares/anaconda3/envs/biological/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
2	SRA tool kit	module load biological/sratoolkit
3	fastp	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
4	fastQc	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
5	multiqc	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
6	Bbmap	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
7	Megahit	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
8	prodigal	module load biological/prodigal
9	hmmer3	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
10	CRISPRCasFinder	module load biological/crisprcasfinder
11	MAFFT	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
12	Blast	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
13	muscle	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
14	Bowtie2	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
15	pseqsid	直接使用
16	Mmseq	module load biological/mmseqs

平台软硬件资源介绍

HPC AI融合智算中心（二期）通用X86 NVIDIA平台的硬件资源​

节点配置​

节点性能​

CPU节点​

GPU节点​

存储配置​

国产AI硬件资源​

节点配置​

节点性能​

CPU 节点​

GPU 节点​

存储节点​

存储配置​

软件资源​

操作系统资源​

编译环境资源​

数学库​

MPI环境资源​

应用软件资源​

HPC AI融合智算中心（二期）通用X86 NVIDIA平台的硬件资源

节点配置

节点性能

CPU节点

GPU节点

存储配置

国产AI硬件资源

节点配置

节点性能

CPU 节点

GPU 节点

存储节点

存储配置

软件资源

操作系统资源

编译环境资源

数学库

MPI环境资源

应用软件资源