软件资源介绍

HPC二期软件资源

操作系统

节点类别	操作系统
节点类别	操作系统
管理节点	Red Hat Enterprise Linux release 8.4 (Ootpa)
登录节点	Ubuntu 20.04 LTS
CPU1	Ubuntu 20.04 LTS
CPU2	Red Hat Enterprise Linux release 8.4 (Ootpa)
CPU3	Ubuntu 20.04 LTS
GPU1	Ubuntu 20.04 LTS
GPU2	Red Hat Enterprise Linux release 8.4 (Ootpa)
GPU3	Ubuntu 20.04 LTS
BIGMEM	Ubuntu 20.04 LTS

编译环境

CPU1、CPU3、大内存节点

编译工具	版本	加载方法
编译工具	版本	加载方法
GCC	9.4.0（系统默认）	直接使用
GCC	13.1	module load compilers/gcc-13.1.0
python	3.8.4（系统默认）	直接使用
icc	2023.1.0	module load compilers/icc-2023.1.0
cmake	3.27.0	module load cmake/3.27.0
java	1.8.11	直接使用

CPU2节点

编译工具	版本	加载方法
编译工具	版本	加载方法
GCC	8.4.1（系统默认）	直接使用
GCC	13.1	module load compilers/gcc-13.1.0
python	3.6.8（系统默认）	直接使用
icc	2023.1.0	module load compilers/icc-2023.1.0
cmake	3.27.0	module load cmake/3.27.0
java	1.8.11	直接使用

GPU1节点

编译工具	版本	加载方法
编译工具	版本	加载方法
GCC	9.4.0（系统默认）	直接使用
GCC	gcc13.1	module load compilers/gcc-13.1.0
python	3.8.4（系统默认）	直接使用
icc	2023.1.0	module load compilers/icc-2023.1.0
cmake	3.27.0	module load cmake/3.27.0
cuda	11.3 (cudnn 8.9.3 for cuda11.x )	module load cuda/11.3
	11.7 (cudnn 8.9.3 for cuda11.x )	module load cuda/11.7
	11.8 (cudnn 8.9.3 for cuda11.x )	module load cuda/11.8
	12.0 (cudnn 8.9.3 for cuda12.x )	module load cuda/12.0
	12.2 (cudnn 8.9.3 for cuda12.x )	module load cuda/12.2
nvidia-sdk	23.7	module load nvhpc/23.7

数学库

软件名称	版本	软件加载方法
软件名称	版本	软件加载方法
fftw	3.3.10
intel MKL	2023	module load compilers/mkl-2023.1.0
nvidia-sdk	23.7	module load nvhpc/23.7
blas/scalapack/lapack	/

MPI环境

序号	软件名称	版本	安装路径	加载方法
1	mpich	4.1.2 gcc版	/opt/mpi/mpich-4.1.2	module load mpi/mpich-4.1.2
2	mpich	4.1.2 icc版	/opt/mpi/mpich-4.1.2_icc-2023.1.0	module load mpi/mpich-4.1.2_icc-2023.1.0
3	mvapich	3.0b gcc版	/opt/mpi/mvapich-3.0b	module load mpi/mvapich-3.0b
4	mvapich	3.0b icc版	/opt/mpi/mvapich-3.0b_icc-2023.1.0	module load mpi/mvapich-3.0b_icc-2023.1.0
5	mvapich	2-2.3.7-1 gcc版	/opt/mpi/mvapich2-2.3.7-1	module load mpi/mvapich2-2.3.7-1
6	mvapich	2-2.3.7-1 icc版	/opt/mpi/mvapich2-2.3.7-1_icc-2023.1.0	module load mpi/mvapich2-2.3.7-1_icc-2023.1.0
7	openmpi	4.1.5 gcc版	/opt/mpi/openmpi-4.1.5	module load mpi/openmpi-4.1.5
8		4.1.5 icc版	/opt/mpi/openmpi-4.1.5_icc-2023.1.0	module load mpi/openmpi-4.1.5_icc-2023.1.0
9		4.1.5 gpu版	/hpc2ssd/softwares/cuda/openmpi-4.1.5	module load mpi/openmpi-4.1.5_gpu
10	Intel_mpi	2021.9	/opt/intel/oneapi/mpi/2021.9.0	module load intelmpi-2021.9.0
11	nvidia sdk	23.7	/hpc2ssd/softwares/nvidia/hpc_sdk/	module load nvhpc/23.7

应用软件

序号	软件名称	版本	安装路径	加载方式
1	GAUSS	g16	/hpc2ssd/softwares/GAUSS	module load
2	HDF5	1.14.1-2	/hpc2ssd/softwares/HDF5-1.14.1-2	module load
3	PnetCDF	1.12.3	/hpc2ssd/softwares/PnetCDF-1.12.3	module load
4	QE	7.2	/hpc2ssd/softwares/QE-7.2	module load
5	R	4.3.1	R-4.3.1	module load R/4.3.1
6	RASPA2		/hpc2ssd/softwares/RASPA2	module load
7	WPS	4.2	/hpc2ssd/softwares/WPS-4.2
8	WRF	4.2.1	/hpc2ssd/softwares/WRF-4.2.1
9	abacus	3.3.0	/hpc2ssd/softwares/abacus
10	anaconda3	2023	/hpc2ssd/softwares/anaconda3
11	ccpem	20221108	/hpc2ssd/softwares/ccpem-20221108
12	cistem	1.0.0	/hpc2ssd/softwares/cistem-1.0.0-beta
13	cuda		/hpc2ssd/softwares/cuda
14	dushin		/hpc2ssd/softwares/dushin
15	dynamo		/hpc2ssd/softwares/dynamo
16	elk	8.5.10	/hpc2ssd/softwares/elk-8.5.10
17	gams	44.1	/hpc2ssd/softwares/gams44.1_linux_x64_64_sfx
18	gromacs	2023.2	/hpc2ssd/softwares/gromacs-2023.2	module load gromacs/2023.2
19	jasper	1.9	j/hpc2ssd/softwares/asper-1.9
20	lammps_parallel	3-Mar-20	/hpc2ssd/softwares/lammps_parallel	module load lammps/2022-parallel
21	lammps_serial	3-Mar-20	/hpc2ssd/softwares/lammps_serial	module load lammps/2022-serial
22	netcdf		/hpc2ssd/softwares/netcdf
23	pwtk-2.0		/hpc2ssd/softwares/pwtk-2.0
24	pycharm	2023.1.4	/hpc2ssd/softwares/pycharm-community-2023.1.4
25	pytorch	2.0.1	/hpc2ssd/softwares/pytorch-2.0.1
26	relion		/hpc2ssd/softwares/relion
27	scipion		/hpc2ssd/softwares/scipion
28	tensorflow-gpu		/hpc2ssd/softwares/tensorflow-gpu
29	vasp	6.3.2	/hpc2ssd/softwares/vasp.6.3.2	module load vasp/6.3.2
30	docker	24.0.5	/usr/bin/docker
31	openFoam	11	/opt/openfoam11

生信类软件

序号	软件名称	加载方法	备注
1	Aspera	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological	秘钥文件：/hpc2ssd/softwares/anaconda3/envs/biological/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
2	SRA tool kit	module load biological/sratoolkit
3	fastp	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
4	fastQc	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
5	multiqc	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
6	Bbmap	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
7	Megahit	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
8	prodigal	module load biological/prodigal
9	hmmer3	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
10	CRISPRCasFinder	module load biological/crisprcasfinder
11	MAFFT	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
12	Blast	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
13	muscle	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
14	Bowtie2	source /hpc2ssd/softwares/anaconda3/bin/activate biological
15	pseqsid	直接使用
16	Mmseq	module load biological/mmseqs

HPC EDA软件资源

Design Compiler, FusionCompiler, Formality, ICC2, Library Compiler, PrimeTime, Starrc, VCS, IC618, INTEGRAND EMX, Genus, Innovus, JasperGold, PVS, Quantus, Spectre, OrCad, Xcelium, Calibre, Modelsim, CFD, Mechanical, Electronics Suite, Lumerical, Agilent ADS, Agilent SystemVue, Comsol, docker jobs, pycharm, vscode, Openfoam, anaconda, pytorch, tensorflow, verilator

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