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module加载的软件介绍及简单用法

在mgmt-3或mgmt-4节点输入命令：module ava

以下是列出的软件及其简单用法的详细介绍：

3v 和 3v_v2​

  • 介绍: 这两个可能是自定义模块或特定版本的软件包，具体用途需根据文档或环境配置了解。
  • 使用方法: 需要查阅具体的文档或询问管理员。

Anaconda3​

  • 介绍: Python的一个发行版，包含了大量的科学计算、数据分析和机器学习库。
  • 使用方法: 使用conda命令安装、管理包和创建虚拟环境。例如：conda create --name myenv python=3.9 创建一个名为myenv的Python 3.9环境。

Biological Tools (生物信息学工具)​

crisprcasfinder​

  • 介绍: 用于识别基因组中的CRISPR-Cas系统。
  • 使用方法: crisprcasfinder -i input.fasta -o output.txt

mmseqs​

  • 介绍: 快速搜索序列相似性的工具。
  • 使用方法: mmseqs easy-search queryDB targetDB resultDB tmpDir

prodigal​

  • 介绍: 基因预测工具，特别是对于原核生物。
  • 使用方法: prodigal -i genome.fna -a proteins.faa -d nucleotides.fna

sratoolkit​

  • 介绍: 用于处理NCBI SRA数据库的数据。
  • 使用方法: fastq-dump --outdir . --gzip --skip-technical --readids --read-filter pass --dumpbase --split-files --clip SRR000001

CUDA​

  • 介绍: NVIDIA的并行计算平台及编程模型，允许开发者利用GPU加速应用程序。
  • 使用方法: 编写CUDA C/C++代码，并使用nvcc编译器进行编译。例如：nvcc my_program.cu -o my_program

GROMACS, LAMMPS​

GROMACS​

  • 介绍: 分子动力学模拟软件。
  • 使用方法: 准备输入文件（如拓扑文件和坐标文件），然后运行模拟程序。例如：gmx mdrun -deffnm my_simulation

LAMMPS​

  • 介绍: 另一款分子动力学模拟软件。
  • 使用方法: 准备输入脚本，然后运行。例如：lmp_serial -in in.script

HDF5​

  • 介绍: 数据存储格式，支持大型数据集的高效管理和访问。
  • 使用方法: 通过API（C, C++, Fortran等）读写HDF5文件。例如：h5copy 或者在代码中使用HDF5库函数

ImageMagick​

  • 介绍: 图像处理库，能够转换、编辑、合成图片。
  • 使用方法: 通过命令行工具或者编程接口操作图像文件。例如：convert input.png output.jpg

MPI Libraries (消息传递接口库)​

mpich, mvapich, openmpi​

  • 介绍: 用于分布式内存系统上的并行计算。
  • 使用方法: 编写MPI程序，并使用mpirun或mpiexec启动。例如：mpirun -np 4 ./mpi_program

VASP​

  • 介绍: 第一性原理电子结构计算软件。
  • 使用方法: 设置输入参数文件（如INCAR, POSCAR, KPOINTS等），然后运行VASP程序。例如：mpirun vasp_std

Compilers and Libraries​

compilers/gcc-13.1.0​

  • 介绍: GNU Compiler Collection，包括C, C++, Fortran等编译器。
  • 使用方法: 使用gcc, g++, gfortran命令编译源代码。

compilers/icc-2023.1.0​

  • 介绍: Intel C++ Compiler。
  • 使用方法: 使用icc命令编译C/C++代码。

compilers/mkl-2023.1.0​

  • 介绍: Intel Math Kernel Library，提供高度优化的数学函数。
  • 使用方法: 在链接阶段指定MKL库路径，例如：icc -mkl program.o

Other Software​

cmake​

  • 介绍: 一个跨平台的构建系统生成器。
  • 使用方法: 使用cmake命令生成Makefile或其他构建文件。例如：cmake ..

dot​

  • 介绍: Graphviz的一部分，用于描述图形。
  • 使用方法: 使用dot命令生成图形文件。例如：dot -Tpng input.dot -o output.png

genesis-2.1.2​

  • 介绍: 分子动力学模拟软件。
  • 使用方法: 类似于GROMACS，准备输入文件后运行模拟。

git-lfs​

  • 介绍: Git Large File Storage，用于版本控制大文件。
  • 使用方法: 安装Git LFS后，通过git lfs track跟踪大文件。

matlab/2023b​

  • 介绍: 数值计算和算法开发的商业软件。
  • 使用方法: 启动MATLAB界面或使用matlab -nodisplay -r "script"执行脚本。

nvhpc​

  • 介绍: NVIDIA HPC SDK，包括编译器和库，支持高性能计算。
  • 使用方法: 使用nvc或nvc++命令编译代码。

pdsh-2.29​

  • 介绍: 并行远程命令执行工具。
  • 使用方法: 使用pdsh命令执行远程命令。例如：pdsh -w node[1-10] 'hostname'

plumed_2.9.0​

  • 介绍: 扩展分子动力学模拟的插件。
  • 使用方法: 结合GROMACS或LAMMPS使用。例如：gmx mdrun -plumed plumed.dat

Modules System​

modules​

  • 介绍: 环境模块系统，用于加载和卸载软件环境。
  • 使用方法: 使用module load/unload/list命令管理模块。例如：module load anaconda3

singularity-ce-4.1.3​

  • 介绍: 容器化解决方案，特别适合HPC环境。
  • 使用方法: 使用singularity build创建容器，singularity exec运行命令。

slurm​

  • 介绍: 资源管理和作业调度系统。
  • 使用方法: 提交作业使用sbatch命令，查看队列状态使用squeue

use.own​

  • 介绍: 模块系统中的一个特殊模块，允许用户加载自己的环境设置。
  • 使用方法: 使用module use /path/to/modules添加自定义模块路径。

Wolfram-Engine​

  • 介绍: Mathematica的命令行版本，用于符号计算。
  • 使用方法: 启动Wolfram Engine后直接输入表达式或使用wolframscript执行脚本。

以上是各个软件的基本介绍和简单用法。实际应用中可能需要参考官方文档获取更多详细信息。某些工具可能需要管理员权限或其他特定配置才能正确安装和使用。